机耕船变速箱内装有一轴、二轴、三轴、四轴、五轴、六轴、各轴上装有大小不同的齿轮。具体如下：

一轴右端伸出变速箱体外的花键部份与离合器从动盘相连接，动力由此输入。左端花键部份装有Ⅰ—倒速和Ⅱ—Ⅲ速滑动齿轮。

二轴左端伸出变速箱体外的部份装有制动鼓，动力输出牙嵌，动力输出小齿轮。动力输出牙嵌与轴花键连接，动力由此输出。右端花键部份装有Ⅰ挡和Ⅱ挡齿轮。

三轴装有倒挡齿轮，中间齿轮和ⅠⅡ挡齿轮。中间齿轮与四轴上的中央齿轮常啮合，ⅠⅡ挡齿轮与二轴上的Ⅱ挡齿轮常啮合。

四轴中间装有中央齿轮，两侧装转向齿轮和转向弹簧。

五轴装有双联齿轮，双联齿轮的大齿轮与转向齿轮常啮合，小齿轮与驱动齿轮常啮合。

六轴为两个半轴，装有驱动齿轮，伸出箱体外侧的两端装有驱动轮。